Добрый день ! При продаже квартиры основанием для применения либо освобождения сделки от уплаты налога НДФЛ является дата ,когда квартира перешла в собственность продавца. В вашем случае это будет после 1 января 2016 г и здесь вступает в действие новый временной промежуток - для освобождения от уплаты налога квартира должна быть в собственности 5 лет. Если бы часть квартиры была получена в дар от близкого родственника, то применялись бы прежние 3 года владения. Если бы продавец реализовывал две части квартиры, то на первую у него было бы льготное налогообложение, но так как он продает квартиру целиком, то налогом будет облагаться вся квартира.